বেফাক কর্তৃক নিয়ন্ত্রিত শিক্ষা ব্যবস্থা তিনটি পর্যায়ে বিভক্ত। প্রথম পর্যায়: এ পর্যায়ে রয়েছে দু’টি স্তর।

• প্রথম স্তর: প্রথমিক শিক্ষা। কুরআন তিলোওয়াত ও ইসলামিয়াতসহ গনিত, বাংলা, ইংরেজী এ সমাজ বিজ্ঞান প্রভৃতি ৫ম শ্রেনীর মান পর্যন্ত। একে বলা হয় আল মারহালাতুল ইবতিদাইয়্যাহ বা কওমী প্রাইমারি/ প্রাইমারি মাদরাসা।
• দ্বিতীয় স্তর: এতে রয়েছে সাধারণ শিক্ষা সহ ইসলামিক শিক্ষা। অর্থাৎ আরবিভাষা, আরবি ব্যকরণ ও ফিকাহশাস্ত্র, গনিত, বাংলা, ইংরেজি এ সমাজ বিজ্ঞান। একে বলা হয় মারহালাতুল মুতাওয়াসসিতাহ। এর মধ্যে রয়েছেঃ- ৩ বছর। অর্থাৎ: ৬ষ্ঠ থেকে অষ্টম শ্রেণি।

দ্বিতীয় পর্যায়: এপর্যায়ে রয়েছে ৪টি স্তর।

• ১ম স্তর:- আল – মারহালাতুস সানাবিয়াতুল(মাধ্যমিক স্তর): এতে রয়েছে দু’বছর (৯ম-১০ম)
• ২য় স্তর: আল – মারহালাতুস সানাবিয়াহ্ আল উলইয়া (উচ্চ মাধ্যমিক স্তর): এতে রয়েছে দু’বছর (১১শ শ্রেনী থেকে দ্বাদশ শ্রেণি)।
• ৩য় স্তর: মারহালাতুল ফজিলাত (স্নাতক ডিগ্রি)। এতে রয়েছে দু’বছর (১৩শ শ্রেণি থেকে ১৪শ শ্রেনী)।
• ৪র্থ স্তর:- মারহালাতুল তাকমিল (মাস্টার্স ডিগ্রি)। এতে রয়েছে দু’বছর। এ স্তরকে দাওরায়ে হাদীস বলা হয়।

তৃতীয় পর্যায়: এ পর্যায়ে রয়েছে বিষয়ভিত্তিক ডিপ্লোমা ও গভেষনামূলক শিক্ষা কোর্স। যথা: হাদীস, তাফসির, ফিকহ, ফতওয়া, তাজবিদ, আরবিসাহিত্য, বাংলা সাহিত্য, ইংরেজি, উর্দূ ও ফারসি ভাষা, ইসলামের ইতিহাস, ও সীরাত, ইলমুল কালাম, ইসলামি দর্শন, অর্থনীতি, রাষ্টবিজ্ঞান, পৌর বিজ্ঞান ও সমাজ বিজ্ঞান, ইত্যাদি বিষয়ের গবেষণামূলক শিক্ষা।